Wanneer een interim-accountant de financiële administratie verzorgt en/of de jaarrekening opstelt, vormt deze adviserende rol doorgaans geen probleem. Echter, wanneer een freelance interim-accountant of accountantskantoor naast de controle van de jaarrekening ook consultancy-opdrachten uitvoert die niet direct gerelateerd zijn aan de jaarrekeningcontrole voor dezelfde cliënt, kan de onafhankelijkheid in gevaar komen. Enerzijds omdat de accountant mogelijk zijn eigen of dat van zijn collega's advies moet beoordelen, en anderzijds omdat de cliënt druk zou kunnen uitoefenen door te dreigen met het intrekken van lucratieve adviesopdrachten. Om deze belangenverstrengeling te voorkomen, is in veel landen de rollen van controleur en adviseur gescheiden.
Het doel van de accountantscontrole van de jaarrekening is het verschaffen van zekerheid omtrent de getrouwheid van de financiële verslaglegging, zodat stakeholders zoals het management, aandeelhouders, banken, beleggers, crediteuren, en subsidiegevers weloverwogen beslissingen kunnen nemen op basis van de jaarrekening. Wanneer een freelance interim-accountant de jaarrekening controleert, legt hij zijn oordeel vast in een controleverklaring. Zo'n verklaring is wettelijk verplicht voor de jaarrekening van middelgrote en grote ondernemingen, inclusief beursgenoteerde bedrijven, en bij de financiële verslaglegging van diverse overheidsinstanties, zoals gemeenten. Niet elke freelance interim-accountant mag deze wettelijk verplichte controles uitvoeren; er gelden aanvullende professionele eisen.
Naast de controleverklaring, die het eindoordeel bevat, kan de freelance interim-accountant tijdens zijn onderzoek diverse bevindingen rapporteren aan het management van de organisatie. Dit gebeurt vaak in de vorm van een accountantsverslag of een management letter.
Naast jaarrekeningen controleert een freelance interim-accountant ook andere financiële rapportages waarin verantwoording wordt afgelegd, zoals milieuverslagen of subsidieafrekeningen.
Bij de uitvoering van zijn controlewerkzaamheden maakt een freelance interim-accountant regelmatig gebruik van de expertise van specialisten, zoals een IT-auditor, belastingadviseur, advocaat of actuaris. In veel gevallen, met name bij grote accountantskantoren, worden deze gespecialiseerde diensten intern geleverd.
